O segundo turno das eleições de 2020 ocorre em 29 de novembro, duas semanas após o primeiro turno. Neste ano, a primeira rodada do pleito ocorreu em 15 de novembro. Devido à pandemia do novo coronavírus, as eleições municipais, geralmente realizadas em outubro, foram adiadas pelo Congresso Nacional. 

Mesmo o eleitor que não votou no primeiro turno está apto a votar no segundo. O Tribunal Superior Eleitoral (TSE) entende que os turnos são eleições independentes. Há segundo turno somente em cidades com mais de 200 mil eleitores em que o candidato mais votado não tenha alcançado 50% +1 dos votos no primeiro turno.

No segundo turno, o horário de votação será o mesmo da votação anterior, das 7h às 17h. Ou seja, uma hora a mais em relação aos pleitos em anos anteriores, que era às 8h.

O horário das 7h às 10h continua sendo preferencial para idosos. Isso significa que adultos e jovens poderão votar nesse período, mas precisarão dar prioridade aos mais velhos.

É obrigatório o uso de máscara de proteção devido à pandemia de Covid-19. É recomendado ainda que o eleitor leve a própria caneta. Nas seções, entretanto, haverá canetas disponíveis, que serão higienizadas pelos mesários após o uso. 

Os eleitores que tiverem sintomas da Covid-19  – como febre, dor de garganta, tosse, dor no corpo ou outros – no dia da votação ou estejam com a doença devem permanecer em casa. Posteriormente, a partir do fechamento das urnas, até 60 dias depois, eles poderão justificar o voto, mas precisarão apresentar um atestado médico para comprovar o motivo da ausência.

O eleitor que não estiver no domicílio eleitoral no segundo turno também deverá justificar a ausência à Justiça Eleitoral. Neste ano, a justificativa pode ser feita pelo celular, no aplicativo e-Título (disponível para Android e iOS).

No dia do pleito, das 7h às 17h, o local de votação é identificado pela ferramenta por georreferenciamento. Ou seja, o e-Título detecta que o eleitor está longe de onde vota e autoriza a justificativa. Também é possível ir até uma seção eleitoral e preencher um Requerimento de Justificativa Eleitoral (RJE). 

A justificativa relativa ao primeiro turno pode ser feita até o dia 14 de janeiro e a do segundo turno até o dia 28 de janeiro. A medida pode ser feita via e-Título; presencialmente, em um cartório eleitoral; ou pela internet, no Sistema Justifica.

Caso o eleitor extrapole esse período, será cobrada uma multa no valor de R$3,51 por cada turno. Enquanto estiver em débito com a Justiça Eleitoral, a pessoa não pode, por exemplo, tirar ou renovar passaporte, receber salário ou proventos de função em emprego público, prestar concurso público e renovar matrícula em estabelecimento de ensino oficial ou fiscalizado pelo governo.